home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00128 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.9 KB  |  55 lines
  1. *******************************************************
  2. * Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site *
  3. *******************************************************
  4.  
  5. Aspartyl  proteases (also  known as acid proteases) (EC 3.4.23.-) are a widely
  6. distributed family  of proteolytic enzymes [1,2,3]  which is known to exist in
  7. vertebrates, fungi, plants, retroviruses and some plant viruses. The aspartate
  8. proteases of  eukaryotes are  monomeric  enzymes which consist of two domains.
  9. Each domain contains an  active site centered on a catalytic aspartyl residue.
  10. The two  domains  have  most  probably  evolved  from  the  duplication  of an
  11. ancestral gene  encoding  a  primordial  domain.  Currently  known  eukaryotic
  12. aspartyl proteases are:
  13.  
  14.  - Vertebrate gastric pepsins A and C (also known as gastricin).
  15.  - Vertebrate chymosin (rennin), involved in digestion  and  which is used for
  16.    cheese making.
  17.  - Vertebrate lysosomal cathepsins D (EC 3.4.23.5) and E (EC 3.4.23.34).
  18.  - Mammalian renin (EC 3.4.23.15) whose function  is to generate angiotensin I
  19.    from angiotensinogen in the plasma.
  20.  - Fungal proteases such as aspergillopepsin A (EC 3.4.23.18),   candidapepsin
  21.    (EC 3.4.23.24), mucoropepsin (EC 3.4.23.23) (mucor rennin),  endothiapepsin
  22.    (EC 3.4.23.22),   polyporopepsin    (EC 3.4.23.29),    and   rhizopuspepsin
  23.    (EC 3.4.23.21).
  24.  - Yeast saccharopepsin (EC 3.4.23.25)  (proteinase A)  (gene PEP4).   PEP4 is
  25.    implicated in the posttranslational regulation of vacuolar hydrolases.
  26.  - Yeast extracellular 'barrier' protein (gene BAR1). Probably a protease that
  27.    cleaves alpha-factor and thus acts a an antagonist of the mating pheromone.
  28.  - Fission yeast sxa1  which  is  involved in the degradation or processing of
  29.    the mating pheromones.
  30.  
  31. Most retroviruses and some plant  viruses (such as badnaviruses) encode for an
  32. aspartyl protease  which  is an homodimer of  a chain of about 95 to 125 amino
  33. acids. In  most  retroviruses  the  protease  is  encoded  as  a  segment of a
  34. polyprotein which  is  cleaved  during the maturation process of the virus. It
  35. is generally  part  of  the  pol  polyprotein  and,  more  rarely,  of the gag
  36. polyprotein.
  37.  
  38. The conservation  of  the  sequence   around  the two aspartates of eukaryotic
  39. aspartyl proteases  and  around  the single active site of the viral proteases
  40. allows to develop a single signature pattern for both group of proteases.
  41.  
  42. -Consensus pattern: [LIVMFGAC]-[LIVMTADN]-[LIVFSA]-D-[ST]-G-[STAV]-[STAPDENQ]-
  43.                     x-[LIVMFSTNC]-x-[LIVMFGTA]
  44.                     [D is the active site residue]
  45. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  46. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 15.
  47. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  48.  
  49. [ 1] Foltmann B.
  50.      Essays Biochem. 17:52-84(1981).
  51. [ 2] Davies D.R.
  52.      Annu. Rev. Biophys. Chem. 19:189-215(1990).
  53. [ 3] Rao J.K.M., Erickson J.W., Wlodawer A.
  54.      Biochemistry 30:4663-4671(1991).
  55.